FAT: samo osnovno, FAT - file alocation table, jedan od najstarijih fajl sistema, danas retko korišćen, sem u starim sistemima. Podržava diskove, particije, do 2Gb. Deli disk na klustere i podržava samo 65.525 klustera. Znači, što je veći disk to su veći klasteri, a samim tim i potrošnja prostora.

FAT32: novija verzija FAT sistema. Baziran je na 32-o bitnom sistemu lociranja, za razliku od FAT koji koristi 16-o bitni. Podržava diskove do 2 terabajta (2000GB). Koristi manje klaster od FAT-a što znači da je i potrošnja prostora manja. Veoma često korišćen, barem kod nas, zbog malo sistema koji rade pod Windowsom 2000 i XP.

NTFS: New Technology File System. Nije dobar za korišćenje na diskovima ispod 400Mb jer troši dosta prostora na sistemske strukture. Glavni deo ovog sistema je MFT (Master FIle Table), koji se čuva u nekoliko kopija radi bolje zaštite podataka. Trenutno najpouzdaniji, najbolji i najmanje korišćeni fajl sistem. Takođe omogućuje šifrovanje podataka.  Klasteri ovog sistema su manji i od FAT32, što znači da ima i najbolji sistem čuvanja prostora. Odličan izbor i za velike diskove.

 HPFS, NetWare: veoma retko korišćeni, tako da o njima ništa opširnije.

Linux Ext2, Linux Swap: sistemi korišćeni od strane Linuxa. Linux Ext2 se može koristiti za particije do 4 terabajta. Linux Swap služi kao swap fajl particija.